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近年来，基于质谱的卵白检测设施渐渐成熟，并已得回美国FDA允许用于个人疾病的诊断。比如，卵巢癌的检测中采用了一种基于血浆卵白CA 125、前白卵白、载脂卵白AI、β2微球卵白和转铁卵白的多标记物检测设施，相较于古板抗体检测，抬高了检测的牢靠性和切确性。正在更普遍的商量范畴，卵白质组学不但用于单个卵白的检测，还可举行团体卵白质组的深化解析。比如，美国国度癌症商量所（NCI）主导的临床卵白质组肿瘤说明定约（CPTAC），已对19种癌症类型的3000余例肿瘤及寻常结构样本举行了卵白质组说明。这些商量不但揭示了癌症产生进展的分子机造，还帮帮科学家明了基因突变奈何影响卵白程度，比如KEAP1基因突变奈何下降卵白品貌但不影响 mRNA 转录程度。CPTAC的商量还胀动了卵白质组学正在癌症分型中的运用，比如通过卵白质组数据对癌症亚型举行从头分类，从而为本性化调节供应按照。
①CCT6A基因变异不但影响本身的卵白品貌，还会影响所有CCT同伴卵白复合体8个成员的表达；
已用于商量Janus激酶（JAK）克造剂）正在调节中毒性表皮坏死松解症（TEN）中的效用，这些开展显示了卵白质组学正在精准医学中的潜力。
①CA 125闭连血清生物标记物panel，正在妇科肿瘤转诊中的运用仅得回C级举荐（即证据质地较低，需幼心行使）；
②肝纤维化危害评分（团结3种生物标记物）被举荐用于脂肪肝患者，但同样属于C级举荐。纵然美国医保（CMS）已将卵白质组学检测纳入报销畛域，但大范畴引申仍需更多高质地商量数据扶帮。
卵白质组学与基因组学、转录组学、代谢组学的团结将成为他日商量的主流倾向，从而更统统地揭示疾病的分子机造。
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